In het algemeen wordt manuele therapie toegepast voor klachten in het bewegingsapparaat, dat wil zeggen de wervelkolom en de ledematen. Klachten ontstaan wanneer gewrichten niet goed werken. Dergelijke stoornissen van het gewricht worden ook wel functiestoornissen genoemd. Vaak is een kortere of langere overbelasting van het gewricht de oorzaak van de klacht. Bewegen wordt dan moeilijk en pijnlijk. Ook kunnen spieren verkrampen en kan de pijn uitstralen naar andere lichaamsdelen.

Door middel van manuele therapie worden deze stoornissen, ook wel blokkades genoemd, verminderd of opgeheven. Geblokkeerde, stijve gewrichten worden via een manipulatie weer in beweging gebracht. Bij een manipulatie wordt gebruik gemaakt van passief mobiliserende bewegingen die met een gedoseerde impuls worden uitgevoerd. Daarbij hoort men soms een knappend of krakend geluid. De meeste mensen ervaren dit als een kort vreemd gevoel, maar ondervinden over het algemeen geen pijn. De effecten zijn vaak direct merkbaar; men ervaart een toename in de bewegingsvrijheid en een afname van de pijn.